首先是水污染给人的身体健康造成的危害，由于水在人体的新陈代谢中起着非常重要的作用，人们可以一天不吃饭，但一天不喝水是不可以的，水中某些元素的影响都会造成人类某些疾病的发生，何况水中含有有害物质，直接危害的就是人类的身体健康。被污染的水中含有某些有害物质，很有可能会导致肝癌和胃癌的发生。
其次是水污染对水中生物的影响，由于人们把污染物排放进水中，影响了水中鱼虾类的健康，同时也会导致水中平衡的破坏，造成水中生物无法生存，而有些鱼类由于生活在这样的水中，鱼肉中也会含有有害物质，人类食用鱼肉也会对自身的健康造成影响。
最重要的是，水污染也会对工农业产生影响，工业生产中也离不开水，对水的质量也是有要求的，农业生产也会受到影响，一旦工农业受到影响，这就影响了整个国家经济的发展水平，和发展速度，可见水污染对人类的影响是至关重大的。
水污染后，通过饮水或食物链，污染物进入人体，使人急性或慢性中毒。砷、铬、铵类、笨并(a)芘等，还可诱发癌症。被寄生虫、病毒或其它致病菌污染的水，会引起多种传染病和寄生虫病。 重金属污染的水，对人的健康均有危害。被镉污染的水、食物，人饮食后，会造成肾、骨骼病变，摄入硫酸镉20毫克，就会造成死亡。铅造成的中毒，引起贫血，神经错乱。六价铬有很大毒性，引起皮肤溃疡，还有致癌作用。饮用含砷的水，会发生急性或慢性中毒。砷使许多酶受到抑制或失去活性，造成机体代谢障碍，皮肤角质化，引发皮肤癌。有机磷农药会造成神经中毒，有机氯农药会在脂肪中蓄积，对人和动物的内分泌、免疫功能、生殖机能均造成危害。稠环芳烃多数具有致癌作用。氰化物也是剧毒物质，进入血液后，与细胞的色素氧化酶结合，使呼吸中断，造成呼吸衰竭窒息死亡。 世界上80%的疾病与水有关。伤寒、霍乱、胃肠炎、痢疾、传染性肝类是人类五大疾病，均由水的不洁引起。