印染废水是水污染的主要来源之一，其特点是污水量大、处理难度大。据估计，生产百米标准布平均耗水量为2.5吨左右，且废水成分复杂，色度高。同时，废水中含有大量的有机物，使其CODcr值高，碱性大，难以处理。
目前，主要处理方法分为物理法、化学法、物理化学法和生化法。近年来，运用光催化和电化学等方法治理印染废水的研究得到了人们的重视。但是物化处理法通常费用较高，而且产生的废物较难处理，效率也不高，应用有限。而生物处理法具有操作简单、运行费用低、无二次污染、对环境友好等优点在印染废水的处理中越来越受到重视。
目前国内主要采用好氧生物法、厌氧法和联合处理技术。好氧法处理印染废水，又分为活性污泥法和生物膜法等。厌氧法通过厌氧降解染料，可降解含有偶氮基、蒽醌基和三苯甲烷基的染料。但是这些染料的降解产物是芳香胺类化合物，属致癌物质，且不能在厌氧条件下继续被降解，即不能彻底降解实现染料的无机化，因此使用厌氧反应器直接处理印染废水，鲜有报道。但是新型高效厌氧处理装置的效能有了很大程度的提高，对进水COD浓度的要求大大降低。COD值为2000mg/l的废水，通过厌氧消化一级生物处理也可达标。联合处理技术就是厌氧法与好氧法相结合，即将厌氧与好氧工艺串联起来，协同处理印染废水。其中，厌氧处理主要是使印染废水中可生化性较差的一些高分子物质发生水解、酸化，变成较小的分子，或者改变难降解有机物的分子结构，从而改善废水的可生化性，为好氧处理创造条件。同时，好氧阶段产生的剩余污泥也可全部回流到厌氧池，由于厌氧阶段有足够长的固体停留时间，污泥可以得到彻底的厌氧消化，从而使整个系统基本上没有剩余污泥排放。
目前印染废水处理的主要发展方向是微生物与处理技术相结合。许多环境工程师致力于筛选高效降解菌和构建基因工程菌，以利用大自然的广袤资源来为人类服务。但是新开发的高效菌应用于废水处理，并不一定能够达到预期的强化效果。菌种在处理系统中能否占有优势地位，废水中复杂的组分是否会抑制其生长……诸多因素都会影响处理效果。因此，生物技术的应用必须经过严格的环境安全检测和评价。同时，染料的降解机制以及微生物的代谢机制，还需进一步研究阐明。