随着农村环境综合整治力度的不断加大，各地开始积极建设乡镇污水处理厂，以推动农村环境质量改善。但是在一些地方，乡镇污水处理设施建设完工后，还存在以下问题：
一是资金投入不足，导致工程质量差，不能保障污水处理厂正常运行；二是污水处理设施选址不合理、不规范，导致环境投诉量增加；三是未实现雨污分流和乡镇污水管网全覆盖，导致处理设施运行效率低；四是乡镇污水处理设施涉及面广、规模小，建成后难经营，污泥处置不规范。
如何采取有效措施，提高乡镇污水处理设施运行效率？笔者有如下建议：
加强乡镇综合规划，合理选址。用科学发展的眼光，合理制定乡镇区域功能发展规划，充分发挥规划在乡镇基础设施建设中的指导功能。严格环境影响评价制度，因地制宜地选择乡镇污水处理设施建设位置，以最小的代价换取最大的效益，提高污水处理设施的利用效率。
建立多元化投资机制，增加资金投入。一方面，为完成“十二五”污水处理目标，地方政府应当研究建立多元化的资金投资渠道，加大财政资金投入力度，吸引各种民间资本参与污水处理设施项目建设和运营。探索建设—运营—转让的BOT模式，推行污水处理市场化，满足乡镇污水处理设施建设和运行需要。另一方面，按照“谁污染、谁付费，谁受益、谁负担”的原则，结合实际，出台污水处理收费制度，明确统一的征收主体和标准，确保乡镇污水处理费足额收缴，提高项目投资收益率。
选择合适的处理工艺，提高污水处理效率。根据乡镇发展规划、现有人口居住状况和工农业发展状况，确定水污染类型，估算污水排放量，确定污水处理设施建设规模、处理工艺和污水管网铺设等。与地形和征地面积结合，选择低负荷型和成熟可靠、稳定性好的处理工艺，最大限度地发挥乡镇污水处理设施的实用性，提高污水处理设施利用和处理效率。
加强污水处理设施运营监管，确保工程质量。对污水处理设施建设项目方案进行比选，选择合适的施工方案。乡镇政府部门加强建设期间工程质量监管和指导，防止因工程质量问题导致建成运营后设施出现渗漏现象，确保工程建设质量。完善污水配套管网建设，实现污水全面进入处理设施，减少污水直排现象。污水处理设施项目建设运营期间，探索建立污水处理运营管理新方法，政府部门应落实专人联系管理，确保污水处理设施有污水进入、设施正常运行。
强化农村环境监管，确保污水处理设施正常运行。环保部门应加大对乡镇污水处理设施运行的监管力度，实行定期和不定期检查，发现问题，立即查处，确保设施正常运行。此外，还要加大对乡镇“一把手”环保实绩考核力度，将污水处理情况作为考核指标之一。