造纸废水经过多次循环以后会使水质急剧恶化，有害物质逐渐积累，浓度不断升高，使造纸废水处理变得越来越困难，还会引起一系列问题。
（1）可溶性有机物浓度过高
废水的循环回用，为可溶性有机物的累积创造了良好条件，随着水温的升高，微生物在其中大量繁殖，粘性丝状微生物能附着在容器壁不断生长，成团的粘性微生物与纤维一起就形成了腐浆，腐浆又会生成H2S和挥发性脂肪酸，给纸机抄造带来诸多麻烦，因此封闭循环水中的首要处理的就是可溶性有机物。
白水中的有机物，主要用COD来表示。不同部位的白水，COD的含量及其各组分的含量都是有一定差别的。这些差别的来源与废纸种类有关，与废纸碎解、漂白时的条件有关。
一般来说，含机械浆或CTMP浆较多的废纸，碎解以后白水中的COD含量较高；含化学浆较多的废纸，碎解以后COD含量较低。因此，旧报纸（ONP）碎解后白水的COD较高，混合办公废纸（MOW）碎解后白水的COD要低一些，旧报纸/旧杂志纸（ONP/OMG）碎解后白水的COD就更低了。
（2）盐的积累和腐蚀问题
废水中的阳离子除了钠盐以外，还有钙盐如CaCO3、CaSO4。废纸中的填料和涂布层含有大量CaCO3，它们会跟废水中微生物产生的挥发性脂肪酸发生反应，生成Ca2+和CO2，Ca2+又跟SO42-反应生成CaSO4，在纸机网部结垢，造成糊网、粘辊等问题；CO2就容易形成气泡，产生纸病和断头，严重影响抄造。高浓度的挥发性脂肪酸、细菌滋生都会对设备造成腐蚀，系统内温度的升高又加剧了腐蚀，所以为了能很好的控制系统内的腐蚀问题，一般都会把pH值控制在8以上。
（3）再生胶粘物
脱墨浆中的胶黏物，除了聚合物、湿强树脂、表面活性剂、热熔物、油墨等常见的之外，还有二次胶黏物。这些二次胶黏物一般是浆料中的溶解物和胶体物（DCS），在外界环境发生变化时形成的。组成都比较复杂，一般多少都会含有一些脱墨化学药品、残余油墨、聚合物等。
废纸中的污染物质很多，很复杂，所以在处理的过程中，最好是一边分离，一边清除，不管污染物是固体的还是液体的，都该尽早把它们清除出去，为后续的处理扫清障碍。但是，现代先进的脱墨浆生产线，都在使用循环白水，对清水的消耗量较低，在这种高度封闭循环的情况下，二次胶黏物的形成是非常常见的。系统内部设置的气浮澄清器又很难除去二次胶黏物，就这样让胶黏物在浆料中反复积聚，会对产品质量产生严重影响。
为了减少和处理好这类再生胶粘物，可以采取了下列三项措施：
一，合理使用与补充必要的清水量，在符合环保要求前提下保证废水排放达标。
二，在送浆过程中加入生物酶对胶粘物某些组份进行化学改性，切断胶粘物组份（聚醋酸乙烯酯）的酯键，从而使胶粘物表面钝化，粘性变弱；并使大胶粘物的尺寸变小，小胶粘物的数量减少。
三，设置3道浮选。浮选的主要作用是除去残留的油墨颗粒与类似皂类的脱墨化学品。其中浮选3在控制灰分、去除一些筛选、除渣不能除去的胶粘物方面取得了意想不到的效果。
（4）阴离子垃圾
阴离子垃圾（anionic trash）是指溶解的或胶体状态的对造纸过程有害的阴离子，带有较高电荷，具有亲水性，具有较大分子量。它主要来自于半纤维素和木素的降解组分，以及油墨、淀粉等其他物质。阴离子垃圾会导致造纸湿部添加剂的用量增加和车速的降低。