自“九五”开始启动重点流域水污染防治规划，经过近20年的治理，在大江大河水质改善的同时，城市中自然或人工形成的河流、河道和小型湖泊等，老百姓周边的毛细血管河流水质尚未好转。受规划不合理、排污集中、截污不够、流量不足、环境管理差等因素影响，有的甚至恶臭熏天。近几年“让市长下河游泳”等事件反映了老百姓对解决和治理黑臭水体的强烈愿望。
城市是人口最集中的地区,人口密度很高。据2013年统计，城镇人口约为7.3亿人。《国家新型城镇化规划(2014-2020年)》提出，“到2020年城镇化率达到60%左右”。人口将继续向城镇集中，初步预测到2020年约有8.4亿的人口生活在城镇。为城镇居民创造清洁、宜居的生活环境，是全面建成小康社会的关键点。
目前，城市建成区内小河、小沟、小汊尚无完善的监测和评价体系。虽然《水十条》提出了黑臭水体整治目标，但是各地具体的黑臭水体状况还需要开展排查工作，而且南北方等地区差异大。据不完全统计，浙江垃圾河、黑臭河共计1.2万公里，约占总长度的10%;江苏省城市黑臭水体约占河道总数的20%;河南18个城市有34条黑臭河流，占河流总数的56.7%;广州市黑臭水体约135个，占河涌总数的58.7%。
近年来，上海(苏州河)、山东(小清河流域)、江苏(秦淮河)、广东(河涌治理)等省市已陆续开展了城市水体环境综合整治工作。但总体而言，城市水体整治有其特殊性，成功案例不多，暴露出诸多问题。
一是系统性不足，各地往往把综合整治理解为各类工程措施或者项目的“打包”、“一锅烩”。治理措施与水环境质量改善关联不密切，往往忽视了水体治理的系统性。
二是治理手段单一，往往护岸、筑坝、搞人造景观等“三板斧”，有些是领导的政绩工程，项目建设往往与水质改善虚挂。
三是不少项目采取河道加盖、建设闸坝、“三面光”等过多的强干预的非生态化措施，以综合治理为名，行生态系统破坏之实。
四是重视工程项目建设，对项目建成后的运行管理缺乏考虑，往往无主管部门、无配套管理制度。
五是整治投资巨大。据江苏、浙江、珠江三角洲等地调研，每条黑臭城市河道长度平均约为2～4公里，每公里整治资金约为2000万元～4500万元(包括污染源治理、截污、污水厂建设、清淤、引水等)。
实际上，城市水体黑臭治理任务并不可怕，水体黑臭是国内外大部分国家工业化、城市化发展阶段产生的环境产物。韩国首尔清溪川、英国伦敦泰晤士河、法国巴黎塞纳河等历史上都经历过类似环境事件。但是经过整治，水质得到了改善。国外整治经验表明，完善的污水截流与收集系统、城市污水处理厂尾水生态化处理、低影响开发模式、初期雨水处理、生态堤岸、水体生态净化、生态补水是城市水体消除黑臭和整治的工程技术选择。
目前一些地方已经开始启动了消除污染严重水体工作。江苏省2013年4月下发了《全省城市河道环境综合整治工作指导意见的通知》，拟用3年时间基本消除城市河流黑臭现象，并公布了313条黑臭河流整治名单。2013年5月，浙江实施寻找可游泳的河，对受污染的河道逐一制定并实施综合整治方案，实行“河长制”，明确责任，公开信息，接受群众和媒体监督，并开始启动大规模的“五水共治”工作。
《水十条》提出，加大黑臭水体治理力度，定期向社会公布治理情况。针对城市黑臭水体，下一步要重点做好以下4项工作。
第一，做好基础调查工作。各地要做好排查，摸清每个地级城市建成区黑臭水体的现状。对照《水十条》中“地级及以上城市建成区黑臭水体均控制在10%以内”的要求找差距，合理安排年度计划，夯实《水十条》实施的基础。
第二，采取合理恰当的工程措施。坚持水质目标导向，遵循截污优先、治理为本、开源增流、生态恢复、系统治理等基本原则。坚持问题导向，解决建成区污水直排等瓶颈问题，制定实施“一河一策”。因地制宜采取针对性措施，如：采用人工湿地、净化塘等对污水处理厂出水进行深度处理并回补河流;改造渠化河道，把混凝土人工护岸改造成适合动植物生长的模拟自然状态的护堤，修复水体生态系统;节约用水，充分利用城市供配水系统保障生态流量等。
第三，推进长效管理机制。坚持工程建设与长效管理两手抓。明确城市发展的环境约束机制，划定城市蓝线，在城市规划区范围内保留一定比例的水域面积;划定城市生态红线，严格水域岸线用途管制，留足河道、湖泊的管理和保护范围。强化跨部门的组织协同管理，让多部门拧成一股绳，发挥最大的水环境治理效益。坚持建管并重，发挥市场化机制的作用，建立监测、清淤、保洁等工作的长效机制，明确城市水体运行维护的责任主体。拓宽资金筹措渠道，通过财政投入、河道资源开发收入、银行贷款等多元化融资渠道解决水体综合整治的资金问题。
第四，实施信息公开与公众参与制度。问需于民、问计于民、问绩于民。各地要定期向社会公布城市黑臭水体清单，向老百姓公布治理对象、治理进程、治理效果，建立以老百姓感官为重点的考核评判体系，建立责任追究机制，强力推进城市黑臭水体治理工作。